De verbinding met Linkpay voor zowel de koper als verkoper is beveiligd met een SSL-certificaat, waardoor gegevens niet afgeluisterd kunnen worden. De uiteindelijke betaling wordt gedaan via het netwerk van Mollie. Mollie wordt gecontroleerd door de Nederlandsche bank en moet aan vele eisen voldoen wat betreft veiligheid. Mollie is PCI DSS gecertificeerd en alle servers staan in Europa.